Sedes
Sede Fundacional
Sede Matriz – Primaria
Sede Matriz – Inicial
Sede Matriz – Secundaria
Sede Matriz – Preuniversitario
Sede de la Costa – Secundaria – Preuniversitario
A partir de la primera sede de Colonia 1645, el Colegio Nacional debió ampliar su capacidad locativa, en seguimiento del aumento de las matrículas y de la demanda de nuevos espacios acordes al proyecto educativo en expansión.
En 1944 se adquirió el local de Colonia 1637, para instalar la Sección Varones y dos años después el de Mercedes 1634.
El primer intento de descentralización del Colegio se produce en 1948, con la inauguración de la Sede de Pocitos, sobre la calle Av. Brasil, destinada a preescolares de 3 a 5 años y escolares de 6 y 7 años, con una novedoso programa complementario de vacaciones dirigidas, que incluía actividades matutinas en una zona exclusiva de la playa, almuerzo y siesta al aire libre y múltiples actividades recreativas durante la tarde. El éxito de la iniciativa llevó a la adquisición de un nuevo local en la esquina de Ramón Massini y Juan Benito Blanco, por medio de una exitosa campaña financiera que ofrecía la compra simbólica de un metro cuadrado del nuevo edificio. A fines de los años sesenta la crisis financiera y el cambio urbanístico del antiguo balneario de los Pocitos hizo inviable el mantenimiento del anexo pocitense. La venta del inmueble facilitó la construcción del primer edificio del Colegio Nacional hecho a la medida de los requerimientos pedagógicos de las aulas. En 1974 queda inaugurado un nuevo sector de la Sede Matriz, con doce salones y un patio central con entrada por la calle Mercedes.
En 1956 la Sociedad Uruguaya de Enseñanza fue cofundadora del Instituto Uruguayo de Estudios Preparatorios (IUDEP), primera institución laica de enseñanza preuniversitaria, en sociedad con el Instituto Crandon, el Colegio Alemán y la Escuela y Liceo Elbio Fernández. En 1977 el IUDEP pasó a ser en exclusividad la Sección Bachillerato del Colegio Nacional, ubicado en la calle Canelones 1632, donde funcionó también la Sección Gestión Empresarial y Secretariado.
En 1965 la adquisición de la casa de Colonia 1631 permitió una importante ampliación de aulas y patios de la sede Matriz.
En los noventa se incorporaron al patrimonio los edificios de un hotel (Colonia 1619) y del sanatorio Parma de Beisso (18 de Julio 2205), que fueron remodelados para albergar, con modernas adecuaciones edilicias, las Secciones de Enseñanza Inicial y de Secundaria, respectivamente.
Ya en la última década el Colegio Nacional retomó la idea de descentralización que había impulsado en 1948; fundó dos nuevos anexos en Ciudad de la Costa, en el departamento de Canelones: Sede de la Costa, para las Secciones de Inicial y Primaria, ubicada en la actualidad en la Av. Luis Giannattasio y Eduardo Márquez Castro (Solymar) y Sede de la Costa para las Secciones de Secundaria y Preuniversitario, en Circunvalación del Uruguay y Oscar Gestido (Shangrilá).
En el año 2017, la Sede de Inicial y Primaria se muda al edificio propio de la Costa, Ante la baja inscripción de alumnos el Colegio decide por este año la suspensión del dictado de cursos para Inicial y Primaria en la Sede de la Costa.
En diciembre de 2017, El Colegio Nacional decide vender su Sede de 18 de Julio para con los recursos económicos generados honrar sus deudas y dar por finalizada la crisis que se había generado a finales de 2015. De esta forma, los niveles de Secundaria y Preuniversitario retornan a la histórica Sede de Colonia y Minas.